Im Laufe der Rheinlandbesatzung gab es immer wieder Unstimmigkeiten zwischen den vier Besatzungsmächten. Aus amerikanischer Sicht machte es wenig Sinn, Deutschland dauerhaft zu schwächen. Vielmehr war man an einer möglichst raschen Erholung der Weltwirtschaft interessiert. Großbritannien pochte einerseits auf die Erfüllung der Reparationszahlungen, wünschte zugleich aber ein Gleichgewicht der Mächte auf dem Kontinent, in dem Deutschland ein Gegengewicht zu Frankreich darstellte. Frankreich dagegen sah in jeglichem Wiederaufstieg Deutschlands eine Bedrohung. Schon in den Verhandlungen zum Versailler Vertrag hatten die Franzosen versucht, das westliche Rheinland dauerhaft zu annektieren. Es bestand penibel auf der Erfüllung der Bestimmungen des Versailler Vertrages. Jede Zuwiderhandlung sollte hart sanktioniert werden. Immer wieder drohte Frankreich mit der Besetzung des Ruhrgebiets. Zudem unterstützten die Franzosen die Separatistenbewegung im Rheinland und in der Pfalz. Belgien war wie Frankreich stark vom Krieg getroffen und folgte weitgehend der französischen Deutschlandpolitik.

Nun stand General Allen vor einem Problem. Der US-Senat hatte den Vertrag von Versailles nicht ratifiziert. Dadurch erhielt die Interalliierte Rheinlandkommission auch keinerlei Kompetenzen in der amerikanischen Besatzungszone. Sowohl die militärische als auch die zivile Verwaltung unterstanden weiterhin General Allen. Um die Autorität der Rheinlandkommission nicht zu untergraben, veröffentlichte Allen die Anordnungen der Kommission unter seinem eigenen Namen. Der amerikanische Hochkommissar Noyes blieb in der Kommission fortan als inoffizieller Vertreter der USA ohne Stimmrecht. Allerdings wurde er im Mai 1920 von der US-Regierung abberufen und durch General Allen selbst ersetzt. Trotz seines Beobachterstatus’ nahm Allen hier eine wichtige Rolle ein, denn seine Meinung hatte durchaus Gewicht.