Im Jahr 839 ist Frecholfus als Verwalter des Königshofes Wesalia genannt. Die Könige verwalteten den Fiskus natürlich nicht selbst, sondern überließen dies ortsansässigen Familien. Im Jahr 966 schenkte Kaiser Otto II. (961-983) den Amtsbezirk (Ober-)Wesel (Civitatem Wisilia) mit allen Rechten der Moritzkirche (und späterem Domstift) in Magdeburg. [Anm. 2] Der staufische Kaiser Friedrich I. Barbarossa (1152-1190) löste 1166 (Ober-) Wesel aus der Zughörigkeit des so weit entfernten Erzbistums und tauschte es gegen Freckleben. Die Vögte des Magdeburger Erzstiftes, die edelfreien Herren von Schönburg, blieben auch nach dem Herrschaftswechsel in Amt und Würden. 1182 wird Wesel erstmals als Stadt (oppidum) bezeichnet. Das älteste dendrochronologische Datum (ca. 1213) aus den Resten der Stadtmauer betriftt bereits eine vermutliche Erweiterung. Ungefähr aus jener Zeit stammt eine Bemerkung das Caesarius von Heisterbach, zwei "schöne Kirchen" (Liebfrauen und St.Martin) "gehörten" dem Herrn von Isenburg. 1216 übergab Kaiser Friedrich II. (1212-1250) Stadt und Burg erneut dem Erzbistum Magdeburg als Pfand, bis im Jahr 1220 beide gegen Zahlung von 2.000 Mark Silber an das Königtum zurückfielen. 1224 wird ein Otto von Schönburg als oberster Richter des Gebietes genannt. 1237 wurde (Ober-) Wesel durch Zahlung von 3.000 Mark Silber von der Vogtei der Herren von Schönburg befreit, die weiterhin Reichsministerialen blieben. Damit war Oberwesel eine freie Reichsstadt, die sich weitgehend selbst verwalten durfte. Schultheiß und Schöffen werden bereits im Jahr 1216 genannt, es waren zumeist die Ministerialen und Ganerben der Schönburg. 1253 ist das älteste Stadtsiegel erwähnt, 1257 und 1299 ist vom Stadtrat die Rede. 1254 wird Oberwesel Mitglied des Rheinischen Städtebundes. Die Reichsunmittelbarkeit wurde 1257 durch den Interregnums König Richard von Cornwall (1257-1272)) bestätigt, ebenso 1274 durch den ein Jahr zuvor gewählten König Rudolf von Habsburg (1273-1291). Für kurze Zeit wurde Oberwesel (gemeinsam mit Boppard) 1278 durch König Rudolf von Habsburg an den Grafen Wilhelm von Jülich verpfändet.

Beschädigungen erlitt die Stadt im Dreißigjährigen Krieg (1618-1648). 1620 rückten kaiserliche und spanische Söldner ein, 1629 waren es die Schweden und Franzosen. 1632 rückten erneut die Spanier heran, danach noch einmal die Spanier, dann die Bayern. Mit den zahlreichen Besetzungen gingen Einquartierungen einher, welche die Bevölkerung zusätzlich belasteten, denn sie musste die Besatzer mit allem versorgen. 1646 belagerten und eroberten noch einmal die Franzosen unter Turenne Burg und Stadt.

Auch die Kriegszüge der Franzosen im Pfälzischen Erbfolgekrieg (1689) hinterließen ihre Spuren. Am 19.10.1688 fiel eine Abteilung der französischen Armee Ludwig XIV. in die Stadt ein und blieb bis März 1689. "Der kommandierende Generalleutnant Marquis de Bretèche quartierte sich auf der Schönburg ein. Für seine aufwendige Hofhaltung mussten die Stifte und Klöster fast den ganzen Kirchenschatz hergeben. In der Stadt lagen 1400 Mann Fußtruppen, 200 Ritter, die meisten Offiziere und 416 Pferde. Die Bürger mussten für alle den Sold und die Verpflegung aufbringen. 2000 Malter Korn (1 Malter = 1500 kg), 1050 Malter Hafer, den letzten Ballen Heu und Stroh, die letzte Kuh und das letzte Schwein, alles wurde requiriert" (Schwarz). Als die Truppen abzogen zerstörten sie Tore, Türme und die Schönburg und steckten die Stadt in Brand. Dabei wurden beide Rathäuser, zwei Adelshöfe, 115 Fachwerkhäuser und das Schiff der Hospitalkirche zerstört. Der Stadtrat gab am 4.3.1697 den Kriegsschaden mit 225.815 Talern an.