Im Zeitalter der Reformation wendete sich die Landgrafschaft als eines der ersten deutschen Territorien dem lutherischen Bekenntnis zu. Philipp der Großmütige von Hessen (1504-1567) hatte im Jahr 1518 als Vierzehnjähriger die Regierungsgeschäfte übernommen und begeisterte sich für die Ideen der Reformatoren. Nachdem Kaiser Karl V. (1500-1558) im Jahr 1526 allen deutschen Landesfürsten den Umgang mit dem Luthertum bis auf weiteres freigestellt hatte, berief Philipp eine Synode in Homberg an der Efze ein. Hier ließ er die geistlichen und weltlichen Würdenträger seiner Grafschaft über das weitere Vorgehen beraten. Die Versammlung entschied sich für die Einführung der Reformation in Hessen und machte Vorschläge für eine neue Kirchenordnung. Philipp selbst verbündete sich noch im gleichen Jahr mit Johann von Sachsen (1468-1532) und anderen protestantischen Fürsten im Torgauer Bund.

Der Beschluss der Homberger Synode hatte schon bald Auswirkungen auf die hessischen Pfarreien. Bereits im Jahr 1527 führte Philipps Hofprediger Adam Krafft eine Kirchenvisitation in St. Goar durch. Das Wallfahrtswesen versuchte man sofort zu unterbinden. In den folgenden Jahren wurden die katholischen Pfarrer abgesetzt und durch evangelische Prediger ersetzt. Um den Lebensunterhalt des neuen Personals zu sichern, wurde das Goarer Stift aufgehoben und seine Kleinodien und Reliquien verkauft. Ein Teil des Geldes floss auch an umliegende Hospitäler und in den Aufbau der von Philipp gegründeten Universität in Marburg, die protestantische Geistliche ausbilden sollte.

Es dauerte nicht lange, bis die konfessionellen Streitigkeiten zwischen den hessischen Herrscherhäusern eskalierten. Nach Ausbruch des Dreißigjährigen Krieges (1618-1648) forderte das lutherisch gebliebene Hessen-Darmstadt die Herausgabe der Niedergrafschaft Katzenelnbogen und ließ St. Goar in den Jahren 1623 und 1626 erfolgreich durch spanische Truppen belagern. Stadt und Stiftskirche wurden dabei schwer verwüstetet, das lutherische Bekenntnis wieder eingeführt, das reformierte dafür verboten. Noch ein Jahr vor Kriegsende gelang es Hessen-Kassel allerdings, die Niedergrafschaft zurückzuerobern, das reformierte Bekenntnis erneut einzuführen und das lutherische zu verbieten. Der Westfälischen Friede erkannte diese letzte Wendung jedoch nicht an und sprach Katzenelnbogen dem Landgrafen Ernst von Hessen-Rheinfels (1623-1693), einem Urenkel Philipps des Großmütigen, zu. Seine Herrschaft unterstand jedoch der Souveränität Hessen-Kassels. In St. Goar war man nun wieder lutherisch, die reformierten Einwohner wurden aber geduldet.