Vor allem die ältere Geschichtsforschung hat vermutet, daß bereits im 11. Jahrhundert eine Befestigung in Alzey erbaut worden sei. Diese Annahme geht auf die Überlieferung durch den sponheimischen Abt Trithemius (1462-1516) zurück, der in den Annalen des Klosters Hirsau berichtet , wie Graf Bertold von Ravengiersburg und seine Gemahlin Hedwig im Jahr 1074 ihre dortige Burg in ein Augustinerkloster umwandelten und ihre Stiftung mit einer großzügigen Schenkung ausstatteten. Zu diesen übertragenen Gütern soll auch das alte Alzeyer Kastellgelände und die auf den römischen Ruinen errichtete Kirche gehört haben. Trithemius folgerte daraus, dass Graf Emich vom Nahegau (1072-1113/1116), in dessen Grafschaft dieser Besitz lag, in Alzey eine Burg errichten ließ. Nur wenige Jahre später habe nämlich ein Raugraf (comes hirsutus) diesen Besitzkomplex gegen andere Güter und Einkünfte an der Mosel eingetauscht und die Befestigung des Emich erneuert. Diese Anekdote ist schon deshalb als unwahrscheinlich entlarvt worden, weil Graf Emich vom Nahegau zwar Stammvater der Raugrafen aus dem Haus der Wildgrafen war, der erste Raugraf, Emich I., aber nicht vor 1140 in der schriftlichen Überlieferung nachweisbar ist.

Als die Alzeyer Burg im Jahr 1278 erstmals genannt wird, befand sie sich in den Händen von Werner (III.) Truchseß (1253-1265) und dessen Schwiegersohn Philipp II. von Hohenfels (1256-1293). Offensichtlich hatte Truchseß Werner das militärische Kommando auf der Burg als Lehnsmann des Pfalzgrafen inne. Im 12. und 13. Jahrhundert war es durchaus üblich, dass reichbegüterte Adlige, die mehrere Burgen besaßen, sich bei einem Neubau der Hilfe ortsansässiger Herren bedienten. In Alzey waren es die erstmals 1140 urkundlich erwähnten Ministerialen von Alzey, die im Auftrag der Bauherren, also entweder der Staufer oder der Pfalzgrafen, die Bauarbeiten organisierten und im Gegenzug die Burg als Lehen erhielten. Der gesellschaftliche Aufstieg der Herren von Alzey fand 1190 mit der Zuerkennung des ehrenvollen Titels eines Truchsessen von Alzey seinen Höhepunkt.
Burg Alzey wurde nach ihrer Fertigstellung den Herren von Alzey als erbliches Lehen überlassen. Dieses Verfahren war für den Bauherren zunächst äußerst vorteilhaft und durchaus zeittypisch. Er brauchte sich nicht um die Verwaltung, Bemannung und Instandhaltung seiner Burg zu kümmern. Seine Lehnshoheit sicherte ihm zudem das Mitspracherecht über die Zukunft der Burg.
Für die Ministerialen von Alzey sollte die hohe Auszeichnung, auf einer Burg wohnen und einer ritterlichen Lebensweise nachgehen zu können, eigentlich Anreiz genug sein, sich sorgfältig um die Burg und die zur Burg gehörige Land- und Forstwirtschaft zu kümmern und sich engagiert gegen feindliche Angriffe zu wehren. Doch die Truchsessen dankten dem Pfalzgrafen das ihnen entgegengebrachte Vertrauen nur schlecht: Sie betrachteten die Lehnsburg mit der Zeit mehr und mehr als ihren Eigenbesitz. Darüber hinaus stellten sie ihre Aktivitäten nicht nur in den Dienst ihres Lehnsherrn, sondern nutzten ihre gewonnene Position in Alzey, um sich einen von den Pfalzgrafen unabhängigen Herrschaftsbereich zwischen Rhein und Donnersberg aufzubauen. Diese Machtstellung mit dem Zentrum Alzey beruhte auf umfangreichen und weitverstreuten Besitzungen sowie Herrschaftsrechten im weltlichen und geistlichen Bereich. Ihr Einfluß zeigt sich u.a. auch an ihrer ausgedehnten Heiratspolitik. Darüberhinaus wirkte sich ihre Dominanz auf die Entwicklung des Dorfes Alzey aus. Wer das Sagen auf der Alzeyer Burg hatte, der gebot auch über die Gemeinde. Die alles überragende Stellung der Ministerialen Werner (III.) Truchseß (1253-1265) und Philipps II. von Hohenfels (1256-1293) bei den kriegerischen Ereignissen des Jahres 1260 zeigt überdeutlich, dass sie auch über die Geschicke der Gemeinde entschieden.

Die selbstbewußten Aktivitäten der Truchsessen hatten vor allem bei den Bürgern der nahen Stadt Worms Unmut erregt, die in ständiger Fehde mit den Alzeyer Burgherren lagen. Als im Sommer 1260 Philipp II. von Hohenfels (1236-1290) zusammen mit einigen Helfern den Wormser Vogt Eberhard Ware von Erenberg auf dem Weg nach Osthofen überfielen, verloren die Wormser die Geduld. Sie mobilisierten ihre Verbündeten und eine alliierte Streitmacht erschien bestens ausgerüstet mit Heerwagen, Belagerungsmaschinen und Proviant am 1. Juli 1260 vor Alzey. Offiziell verkündetes Kriegsziel war es, die "Räuberhöhle", die "speluncalatronum", in der sich "landstreifer und böse buben" aufhielten, auszuräuchern. Es ging den Angreifern aber nicht um die Beendigung der Machenschaften der Alzeyer Truchsessen, sondern mit Sicherheit auch darum, an der pfalzgräflichen Stellung zu rütteln. Da sich die Verteidiger gegen die Übermacht nicht auf Dauer halten konnten, kam es rasch zu Übergabeverhandlungen. Die Alzeyer mußten die Zerstörung der Mauern und Wälle zulassen, die am 12. Juli 1260 erfolgte. Inwieweit eine bereits vorhandene Burg von den Verwüstungen betroffen war, wird in der Überlieferung nicht erwähnt.

Nach der Zerstörung Alzeys 1260 blieb die Machtstellung der Truchsessen über Burg und Stadt Alzey nahezu ungebrochen. Offensichtlich waren aber auch Pfalzgraf Ludwig II. (1253-1294) die Umtriebe seiner Vasallen suspekt, weil sie das pfalzgräfliche Gemeinwesen Alzey in seinem Bestand gefährdeten. Die militärische Niederlage seiner Lehnsleute wäre eigentlich eine günstige Gelegenheit gewesen, sich wieder uneingeschränkt Geltung in Alzey zu verschaffen. Doch Ludwig II. wußte, dass an eine handstreichartige Entmachtung der Truchsessen angesichts ihrer zahlreichen Rechtstitel und ihrer weitläufigen verwandtschaftlichen Beziehungen nicht zu denken war und einen zermürbenden Streit mit sich gebracht hätte. Deshalb ging er nun zielstrebig daran, die allzu selbstbewußt agierenden Truchsessen mit rechtmäßigen Mitteln aus ihrem Machtzentrum zu verdrängen. Er entschied sich für eine "Politik der kleinen Schritte".

Zunächst versuchte er, den Ort aus seiner Abhängigkeit von den Truchsessen und den anderen ministerialischen Familien zu lösen und die Bürger dabei zu unterstützen, eine städtische Gemeinschaft zu bilden. Den Höhepunkt dieser Bemühungen stellte die Verleihung der Stadtrechte dar, die König Rudolf von Habsburg (1273-1291) am 24.10.1277 in Wien auf Bitten des Pfalzgrafen vornahm. Die Stadt erhielt aber nicht die Reichsfreiheit, sondern Alzey wurde eine vom Pfalzgrafen abhängige Stadt. Auch im Umland verstanden es die Pfalzgrafen, die Truchsessen Stück um Stück zurückzudrängen.

Die Machtverhältnisse auf der Burg blieben von dieser Entwicklung nicht unberührt. Offensichtlich war es um 1277 bereits zu einer Verschiebung in den Besitzverhältnissen gekommen. Denn 1277 begann Pfalzgraf Ludwig II. Burgmannen zu verpflichten. Bereits kurz vor der Stadtrechtsverleihung gewann er dafür am 28.4.1277 seinen Verwandten Wildgraf Emich III. (1239-1289). Während in diesem Fall noch die Möglichkeit besteht, dass er den Wildgrafen zum Burgdienst in der Stadt vereidigte, bestimmte er in einer weiteren Urkunde ausdrücklich die Burg als Einsatzort seines Vasallen: Graf Friedrich III. von Leiningen (1234-1287) sollte Erbburgmann auf der pfalzgräflichen Burg (in castro suo apud Altzeiam) sein. Allerdings wurde die Residenzpflicht des Grafen bzw. seines ritterlichen Stellvertreters nicht allein auf die Burg beschränkt, sondern ihm konnte auch ein Einsatzort an anderer Stelle (apud Alzeiam in loco) zugewiesen werden.

Wenn der Pfalzgraf Burgmannen auf der Burg aufnahm, mußte 1277/1278 ein Teil von ihr in seiner unmittelbaren Verfügungsgewalt gewesen sein. Es ist schwer denkbar, dass der Lehnsherr auf einer gänzlich zu Lehen vergebenen Burg Burgmannen verpflichten konnte. Möglich ist allerdings auch, dass der Pfalzgraf quasi im Vorgriff auf die kommende Entwicklung mit der Betonung des Einsatzortes "Burg Alzey" seinen Eigentumsanspruch unterstreichen wollte.

1283 bzw. 1284 sollten Johann (1282-1288) und Philipp (1283-1293), die noch unmündigen Söhne der Lukard von Bolanden (1263-1284/86), ebenso wie zuvor Graf Philipp II. von Falkenstein (1256-1293/95), als pfalzgräfliche Burgmannen folgen. Die Verpflichtung von Burgmannen, besonders solchen von hohem Stand, leitete nun endgültig die Entmachtung der Truchsessen auf der Burg ein.

Die Truchsessen und ihre eigenen Burgmannen reagierten auf die Bedrängung in der Burg mit gewalttätigen Aktionen gegen die Stadtbevölkerung, die sich aber zu wehren wusste. 1288 ließ der pfalzgräfliche Stadtherr zwischen Truchsessen und Bürgerschaft schlichten. Im folgenden Jahr versuchten die Truchsessen Philipp (I.) (1256-1292/1301) und Gerhard (I.) (1256-1292) sowie die Mitbesitzer Werner und Philipp Winter anscheinend einem pfalzgräflichen Übernahmebegehren dadurch zu entgehen, dass sie ihre Lehnsburg, die sie trotzig als die Ihre ansahen (castrum nostrum in Alzeia), den Grafen Friedrich IV. (1287-1316) und Emich von Leiningen (1281-1289) zu Lediglehen auftrugen. Damit wollten sie die Lehnsburg dem unmittelbaren Zugriff des Lehnsherrn entziehen, eine Rückgabe unwahrscheinlich machen und den Pfalzgrafen zwingen, sich nicht nur mit ihnen, sondern mit einem Herren gräflichen Standes auseinanderzusetzen. Dem zu erwartenden Konflikt mit dem Eigentümer der Burg, dem Pfalzgrafen, suchten die Truchsessen und Winter durch eine ungewöhnliche Hilfeklausel zu entgehen, die ihnen die Möglichkeit zu Neutralität offenließ: Sollte der Wormser Bischof nämlich die Leininger angreifen, wollten die Truchsessen ihnen beistehen und den Grafen die Burg als Verteidigungsstellung einräumen. Die Winter hatten sich neutral zu verhalten. Griff dagegen der Pfalzgraf die Leininger außerhalb einer rechten Fehde an, mussten die Winter die Grafen in ihrem Burganteil aufnehmen und unterstützten. Die Truchsessen durften sich, obwohl sie den Leiningern den ligischen Lehnseid geleistet hatten, neutral verhalten und mussten nicht gegen den Pfalzgrafen kämpfen. Der Vertrag mit den Leiningern wurde aber offensichtlich niemals vollzogen.

Die Anwesenheit truchsessischer und pfalzgräflicher Burgmannen auf der Burg führte im Jahr 1291 zu Streitigkeiten, über deren Ursache und Verlauf nichts Näheres bekannt ist. Geschickt manövrierte Pfalzgraf Ludwig II. den Zwist aus dem engen Geflecht einer Privatfehde heraus und machte die Angelegenheit zu einer Sache des Landfriedens. In einer Einigung zwischen ihm und den Truchsessen wurde bestimmt, dass zukünftige Verstöße als Landfriedensbruch gewertet und von den Mitgliedern des Landfriedens geahndet werden sollten. Eine solche Bestrafung durch Landfriedenstruppen hätte schwerwiegende Folgen für die Truchsessen haben und u.U. sogar zur Enteignung führen können. Der Plan des Pfalzgrafen, die renitenten Truchsessen aus der Burg vertreiben zu lassen, konnte aber nicht umgesetzt werden.

Im folgenden Jahr übertrug Gerhard I. Truchseß (1256-1292) seinen Burganteil seinem zukünftigen Schwiegersohn, dem Grafen Eberhard von Sponheim (1281-1303) . Diesmal stimmte Pfalzgraf Ludwig II. als Lehnsherr zu. Ihm kam die Weitergabe des Lehens mit Sicherheit gelegen, weil der Burgteil damit der unmittelbaren Beeinflussung durch die Truchsessen entzogen wurde. Mit dem Sponheimer nahm er Direktverhandlungen auf und ließ sich im Jahr 1296 für dessen Burgteil ein Vorkaufsrecht einräumen.

Gleichzeitig brachte Ludwig II. die Truchsessen und Winter von Alzey in eine immer stärkere Abhängigkeit zu sich. Bereits Ende 1292 machte er die Brüder Philipp I. und Gerhard I. Truchseß sowie die Brüder Werner und Philipp Winter zu seinen Burgmannen. Sie sollten sowohl in der Stadt als auch auf der Burg (in castro suo etiam in Alzeia) sowie im befestigten Salhof (aliam nostram munitionem) Burgmannendienste leisten. Spätestens jetzt befanden sich die Burg und ihre Bewohner in der Hand des Pfalzgrafen. Wie nachhaltig die pfalzgräfliche Übernahmepolitik bereits zum Erfolg geführt hatte, zeigt 1298 der Angriff König Albrechts auf das Machtzentrum des Pfalzgrafen Rudolf I. (1294-1319), weil dieser den abgesetzten König Adolf von Nassau unterstützte. Zu diesem Zeitpunkt wurde die Burg Alzey vielleicht schon von einem pfalzgräflichen Burggrafen befehligte und verteidigt. Die Truchsessen, offiziell noch Lehensbesitzer waren längst auf den Status einfacher Burgmannen zurückgedrängt. Um das Jahr 1303 erwarben die Pfalzgrafen Rudolf I. (1294-1319) und sein Bruder Ludwig (1294-1329) den Lehnsanspruch des Grafen Eberhard von Sponheim (1281-1303) bzw. des Gerhard Truchseß, eines anderen Bruders des Wentz. Den Schlusspunkt der Besitzergreifung setzte Pfalzgraf Rudolf I. (1294-1319) und sein Bruder Ludwig (1294-1329), als sie am 20.4.1305 die Lehnsansprüche der Brüder Wentz und Konrad Trucheß (ir teil in der burch ze Alzay) aufkauften. Da Ratenzahlung vereinbart war, quittierte Wentz Truchseß erst am 10.7.1307 "fur unsern teyle an der burg zu Altzey und an den burgmanne(n) unn an andern rechtenn, die darzu gehorent." Gleichzeitig gab er alle verbrieften Ansprüche auf die Burg und Schadensersatz auf.

Die seit 1305 uneingeschränkt in pfalzgräflicher Hand befindliche Burg, sollte schon wenig später zum Spielball der "großen Politik" werden. Bis in das 14. Jahrhundert hinein war es den Mainzer Erzbischöfen nicht gelungen, in den Gebieten südlich von Mainz in nennenswerter Weise territorial Fuß zu fassen. Die Beteiligung der Erzbischöfe an den Angriffen auf Alzey in den Jahren 1260 und 1298 zeigt, wie sehr ihnen daran gelegen war, in diesem Raum Einfluß zu gewinnen. Erzbischof Peter (1306-1320) ließ sich 1314 als Gegenleistung für seine Unterstützung bei der Wahl des Pfalzgrafen Ludwig zum deutschen König neben den Reichsstädten Ingelheim und Oppenheim auch Burg und Stadt Alzey als persönliches Pfand übertragen. Für das Mainzer Erzstift bedeutete die Verfügungsgewalt über Alzey eine beachtliche Stärkung seiner Machtposition. Die Preisgabe des eben erst erkämpften Alzeyer Gutes wurde jedoch von Teilen des Hauses Wittelsbach nicht gutgeheißen. Man betrachtete die persönliche Verpfändung an den Erzbischof - das zeigen die späteren Ereignisse deutlich - als eine Vergabung Ludwigs in seiner Eigenschaft als König, nicht als Pfalzgraf. Auch in Alzey regte sich Widerstand. Der König hatte zunächst Schwierigkeiten, dem Mainzer das versprochene Pfand zu übergeben. Er mußte den Alzeyer Burggrafen und die dortigen Burgmannen nachdrücklich auffordern, die der Pfalzgrafschaft geleisteten Eide für die Dauer der Pfandschaft ruhen zu lassen und dem Mainzer als Pfandherrn zu huldigen . Als sich die Pfandübergabe weiter verzögerte, beschwichtigte König Ludwig Erzbischof Peter mit einem großzügigen Angebot. Er versprach ihm, sämtliche Auslagen für den Unterhalt und die Bewachung des Pfandgutes zu übernehmen. Erst am 13.1.1319 unterstellte sich der pfalzgräfliche Amtmann, Raugraf Georg dem Mainzer Pfandherrn . Erzbischof Peter versuchte sofort, die Schlüsselpositionen auf der Alzeyer Burg mit eigenen Leuten zu besetzen. Er stellte zunächst Rorich von Rodenstein und kurz darauf Sundel (Suendel) von Böckelheim als Burggraf an die Spitze der Alzeyer Burgmannschaft. Doch gelang es beiden nicht, sich bei der noch aus pfalzgräflichen Zeiten stammenden Burgmannschaft durchzusetzen. Erzbischof Peter kam nicht umhin, Raugraf Georg wieder einzustellen.

Die Mainzer Pfandherrschaft währte nicht lange. Als Erzbischof Peter am 5. Juni 1320 gestorben war, setzte sich das Mainzer Domkapitel, das die Verwaltung des Erzstiftes bis zur Wahl eines neuen Erzbischofs übernahm, umgehend mit Raugraf Georg in Verbindung. Der Burggraf versprach, Alzey für das Erzstift zu bewahren und dem zukünftigen Erzbischof auszuhändigen. Doch die pfalzgräfliche Partei sah den persönlichen Pfandvertrag zwischen König Ludwig und Erzbischof Peter, da dieser verstorben war, als beendet an. Sie forderte ihrerseits Raugraf Georg auf, Burg und Stadt Alzey auszuliefern. Als Georg sich weigerte, erschienen pfalzgräfliche Truppen unter der Führung Werners von Hohenfels (1291-1357), Philipps von Sponheim, Wernher Knebils und eines Mannes namens Fust in Alzey und nahmen den Burggrafen gefangen. Sie ließen ihn erst wieder frei, als er der Übergabe der Burg zugestimmt hatte.

Die Ereignisse des Jahres 1320 kamen noch einmal 1344 in einem großen Schiedsverfahren zwischen Pfalzgraf Ruprecht I. d.Ä. (1329-1390) und dem Mainzer Erzbischof Heinrich (1328-1353) zur Sprache. Der Mainzer klagte, man habe seinem Vorgänger die Pfandschaft Alzey mit Gewalt entrissen, und die Pfalzgrafen herrschten dort zu Unrecht. Die Pfalzgrafen sahen den Sachverhalt anders: Raugraf Georg sei 1320 im Verlauf einer rechtmäßigen Fehde gefangen genommen worden; er habe Alzey - die Verpfändung von 1317 wurde als reine Reichsangelegenheit betrachtet - als kaiserlicher Burggraf an die Pfalzgrafen zurückgegeben. Zudem habe er die dortige Besatzung aus ihrem dem Erzstift geleisteten Eid entlassen, da mit dem Tod Erzbischof Peters 1320 die persönlich gebundene Pfandschaft beendet gewesen sei. Das Ergebnis der Untersuchung von 1344 war ganz im Sinne der Pfalzgrafen: ungeachtet des mainzischen Protests wurde die handstreichartige Beendigung des Pfandschaftsverhältnisses von 1320 für rechtens erklärt.

Wenn man Alzey als Residenz der Pfalzgrafen ansieht, bedarf dies einer kurzen Begründung. Während man Heidelberg seit Anfang des 14. Jahrhunderts als Hauptresidenz der Pfalzgrafen bezeichnen muss, kann man Alzey wie auch Bacharach und Neustadt als regionale (Neben-)Residenz bezeichnen. Alzey stieg im Laufe des 14. Jahrhunderts zu einem Herrschaftsmittelpunkt auf, der nahezu alle Merkmale einer Residenz aufwies.
Die Alzeyer Kanzlei der Pfalzgrafen befand sich seit der Übernahme Anfang des 14. Jahrhunderts in der Burg . Es ist dabei aber bemerkenswert, daß in keiner einzigen mittelalterlichen Urkunde die Alzeyer Burg ausdrücklich als Aufenthaltsort der Pfalzgrafen genannt wird. Wenn der Ausstellungsort in den Urkunden vermerkt ist, wird lediglich die Bezeichnung "Alzey" angegeben. Wahrscheinlich legten die Pfalzgrafen deshalb keinen Wert darauf, das Schloss als Beurkundungsort besonders hervorzuheben, da sie es als Teil ihrer Residenzstadt ansahen. Erst von Kurfürst Friedrich II. (1544-1556) ist bekannt, dass er eine Urkunde im "Neuenschloß" ausgestellt hat . In allen anderen Fällen, wo Aufenthalte der Kurfürsten in Alzey nachgewiesen sind, kann man nicht sagen, ob sie auf der Burg urkundeten, im pfalzgräflichen Hof auf dem Gelände des heutigen Obermarktes oder an anderer Stelle . Aus einigen Briefen der Kurfürsten im 16. Jahrhundert geht nämlich hervor, dass die Pfalzgrafen auch in der Stadt ein Domizil besaßen. So begab sich am 26.2.1556 Herzog Wolfgang d.Ä. (1494-1558) von der Stadtwohnung zum Schloss, wo sein verstorbener Bruder Pfalzgraf Friedrich II. aufgebahrt war . Der neue Kurfürst Ottheinrich (1556-1559) erließ im selben Jahr die "Kirchenordnung in unser stat Altzey".
Doch zurück zur mittelalterlichen Residenz Alzey. Bereits einige Zeit nachdem die Staufer den Ort nach Jahren der Verlehnung wieder in Besitz genommen hatten , wurde Alzey offensichtlich von Herzog Friedrich II. von Schwaben (1105-1147) zu einem beliebten Wohnsitz erkoren. Wie oft und wie lange er dort weilte, ist nicht überliefert. Doch weiß man sicher, dass er seine letzten Monate in Alzey verbrachte, denn noch kurz vor seinem Tod eilten sein Bruder König Konrad III. und Bernhard von Clairvaux an sein Sterbelager, um ihm die letzte Ehre zu erweisen . In der truchsessischen Zeit Alzeys (nach 1140 bis ca. 1305) bezogen die Pfalzgrafen wahrscheinlich nicht auf der Burg, sondern im Ort Quartier. Erst als die Burg gänzlich in ihre Verfügungsgewalt übergegangen war, konnte sie wieder als Wohnsitz in Anspruch genommen werden.
Aufenthalte von Pfalzgraf Rudolf I. (1294-1319) sind während seiner 26-jährigen Amtszeit nur fünfmal in Alzey nachzuweisen. Nach dem Teilungsvertrag von Pavia im Jahr 1329, der die Vereinigung der Kurpfalz mit den bayrischen Gebieten der Wittelsbacher besiegelte, wurde Heidelberg der zentrale Bezugsort der rheinischen Pfalzgrafen. Alzey nahm als Residenz bis zur endgültigen Zuständigkeit Pfalzgraf Ruprecht II. d.J. (geb. 1325-1398) für die Stadt nur eine untergeordnete Bedeutung ein . Dieser hielt sich zwischen 1354 und 1394 nachweislich 26-mal in Alzey auf, wobei sich seine Besuche in den 70-er und 90-er Jahren häuften. In seiner Regierungszeit stieg Alzey buchstäblich in den Rang einer Residenz auf. Seine Zeitgenossen nannten Ruprecht II. bezeichnenderweise zuweilen "Herzog von Alzey"(dux in Altzeya) .
Unter seinem Sohn Ruprecht III. (1398-1410), der 1400 als Ruprecht I. den deutschen Königsthron bestieg, war Alzey häufig besuchte Residenz des Herrschers. Bereits vier Tage nach seiner Königswahl in Oberlahnstein traf er sich mit seinen Ratgebern in Alzey. Bis 1410 ist Ruprecht III. 42-mal in Alzey anzutreffen. Wenn Alzey in den Reichstagsakten gar als Kanzleiort des Reichsoberhauptes angesehen wird , wird er bei seinen oft längeren Aufenthalten auch einer Gebetsstätte in der Burg bedurft haben. Vielleicht handelt es sich bei der 1404 genannten Kirche um eine solche Burgkapelle. Allerdings wird sie in der Quelle als eigenständiges Gebäude bezeichnet , was wiederum auf eine Stadtkirche, vielleicht St. Georg oder wahrscheinlicher St. Nikolai, hindeutet . Auch Weihnachten 1406 und 1407 verbrachte der König in Alzey. Man darf jedoch die Bedeutung Alzeys nicht überbewerten, da Ruprecht III. zahlreiche Urkunden auch in anderen Orten auf der linken Rheinseite, etwa in Oppenheim und Neustadt, ausstellte.
Die Kurfürsten Ludwig III. (1410-1436) und Ludwig IV. (1436-1449) hielten sich den Urkunden zufolge zwar nur selten in Alzey auf, aber es ist zu berücksichtigen, dass nicht jeder Besuch schriftlich festgehalten worden sein muss. Auch Pfalzgraf Friedrich I. (1449-1476) war nachweislich zwischen 1453 und 1470 nur sechsmal in Alzey. Da der Ort aber während seiner Regentschaft Oberamtsstadt wurde und der schlossartige Ausbau der Burg begann, darf man annehmen, dass er Alzey wesentlich häufiger besuchte. Aus Friedrichs Zeit stammen nämlich die Schlossscheune (1468), ein steinerner Wehrgang, die westliche Vorburg mit dem unteren Schlosstor und dem Schlosskeller sowie das kreisrunde Geschützbollwerk an der Südwestecke (1476). An dieser Stelle könnte zuvor auch ein Brunnenturm gestanden haben, von dem der Brunnen im Erdgeschoss noch heute zeugt. Zwischen 1460 und 1470 wurden eine tonnengewölbte Durchfahrt mit runden Flankierungstürmen und eine Brücke über den Stadtgraben geschaffen. Der ursprünglich zweistöckige Saalbau mit hohem Dach im Nordflügel wurde ebenfalls begonnen, allerdings erst unter Ludwig V. (1508-1544) vollendet.
Auch sein Nachfolger Pfalzgraf Philipp (1476-1508) wird die andauernden Arbeiten am Schloss des öfteren begutachtet haben, wenngleich nur ein einziger Aufenthalt in Alzey bezeugt ist. Während seiner Regierungszeit wurde am nördlichen Saal weitergebaut und die Wendeltreppe zwischen Nordflügel und Torturm errichtet. Der östliche Wehrgang entstand sowie die gequaderte Schutzmauer vor der Ringmauer. An der Westseite des Berings schuf man vielleicht zu dieser Zeit jene Kapelle, von der heute nur noch zwei Gewölbeansätze und ein Säulenfuß erhalten sind.
In seinen 37 Regierungsjahren soll Kurfürst Ludwig V. (1508-1544) nur kurz nach seinem Regierungsantritt und 1523 und 1525 in Alzey gewesen sein. Dem widerspricht jedoch, daß zahlreiche Gebäudeteile des Schlosses auf seine Initiative zurückgehen. Er ließ die Kriegszerstörungen des Jahres 1504 beseitigen, die Verteidigungsanlagen verstärken und den Sitz des Oberamtes weiter ausbauen. Gleichzeitig intensivierte er die Bemühungen, das Schloss zu einem repräsentativen Gebäude auszubauen. Stolz erwähnte er 1525 in mehreren Briefen das "Neuwenschloß", das aber immer noch Baustelle war. Der Nordflügel wurde nach Osten erweitert. Damals entstanden auch die beiden Erker, der östliche wurde 1527, der westliche im Jahr 1528 fertiggestellt. 1538 waren das Vorwerk und die oberen Geschosse des Torturms erfolgreich umgebaut.
Die Baumaßnahmen gingen auch unter Friedrich II. (1544-1556) weiter: Der südliche Renaissance-Wohnbau (1546 oder 1549), der repräsentative Treppenturm im Nordflügel (1549) und ein Schlossweiher wurden fertiggestellt. Der Aufwand zeigt, dass die Residenz für Friedrich II. eine bedeutende Rolle spielte. Hier verbrachte er auch umgeben von seinem gesamten Hofstaat die letzten Wochen seines Lebens (gest. 26.2.1556). Da zu dieser Zeit in Heidelberg eine Epidemie grassierte, begab sich der Hofstaat nur für wenige Tage dorthin, um der Beerdigung des Kurfürsten in der Familiengruft beizuwohnen. Danach kehrte der Hof für einen nicht näher bekannten Zeitraum in die Residenz Alzey zurück.
Mit dem Aufrücken der Linie Pfalz-Simmern zur Heidelberger Kurwürde sank die Bedeutung Alzeys als Residenz. Kurfürst Ottheinrich (1556-1559), als Kunstmäzen und Musikliebhaber gleichermaßen geschätzt , kümmerte sich kaum um Alzey , auch von Baumaßnahmen während seiner Regentschaft ist nichts bekannt . Das gleiche gilt für seine Nachfolger Friedrich III. (1559-1576) und Johann Casimir (1577-1583), die keine nachhaltigen Spuren in Alzey hinterlassen haben.
Unter Kurfürst Friedrich IV. (1583-1610) erlebte das Schloss Alzey zum letzten Mal für kurze Zeit den Glanz einer pfalzgräflichen Residenz. In den ersten Jahren seiner Regentschaft war er nur einmal in Alzey. 1601 mussten umfangreiche Baumaßnahmen an der Heidelberger Schlosskapelle vorgenommen werden, die ein Verlassen des Schlosses notwendig machten. Der größte Teil des pfalzgräflichen Hofes zog am 17. April 1601 von Heidelberg nach Alzey um. Da man die zahlreichen Personen und das umfangreiche Gepäck sicher und schnell befördern mußte, reiste man per Schiff zunächst den Neckar und dann den Rhein hinab bis auf die Höhe von Osthofen. Den Rest des Weges legte man per Kutsche, Pferd und Wagen zurück. Von April bis August 1601 weilte der pfalzgräfliche Hof im Alzeyer Schloss. Während dieses Aufenthaltes entstand im Südbau der Burg eine kleine Kapelle, die für den persönlichen Gebrauch der kurfürstlichen Familie reserviert war.
Nachdem der Hof Alzey wieder verlassen hatte , war das Schloss als Residenz nicht mehr gefragt. Weder Pfalzgraf Friedrich IV., der die Pfalz in den folgenden Jahren nur noch von Heidelberg aus regierte , noch sein Nachfolger Friedrich V. (1610-1632) maßen Alzey große Bedeutung zu. Erst als Pfalzgraf Friedrich V. 1619 mit seinem "böhmischen Abenteuer" einen Krieg heraufbeschwor, erinnerte man sich in Heidelberg an die alte Residenz. Bei einer Bestandsaufnahme der Wehrgebäude durch den Ingenieur Stapffen und den Burggrafen Philipp III. von Winneburg-Beilstein sowie andere kurpfälzische Beamte wurde festgestellt, dass in Alzey zwar beachtliche Mengen an Nahrungsmitteln lagerten, die Verteidigungsanlagen von Stadt und Schloss aber völlig veraltet waren und den modernen Waffen keinesfalls standhalten würden. Das Gutachten ging nur kurz auf die Schlossanlage ein:
Das Schloss war von starken Mauern und einem tiefen Wassergraben umgeben. Wassergraben und dahinter liegender Zwinger schieden das Schloss von der Stadt. Auf den anderen drei Seiten standen Festungswälle, die aber mit Bäumen bewachsen waren. An der Ecke der Ausgangspforte aus dem Vorhof in das Feld stand ein runder dicker Turm aus Quadersteinen, genannt der Lug-ins-Land, auf dem sich stets etliche Geschütze befanden, um den umliegenden Orten vor Augen zu führen (losung darvon geben), vom wem die Stadt kommandiert wurde. Über dem Schlosstor ragte ein hoher Wachtturm empor, von dem aus man einen guten Überblick über die Gesamtanlage hatte.
Nach dem gescheiterten "Böhmenunternehmen" und der Vertreibung der Heidelberger Wittelsbacher im Jahr 1620 versank Alzey in den Wirren des Dreißigjährigen Krieges. Eroberungen und Fremdherrschaft bestimmten die Geschicke von Burg und Stadt. Der Merianstich von 1645 zeigt die Burg aber unversehrt mit hohen Giebeldächern, den Torturm im Nordwesten von einem hohen Spitzdach gekrönt.
Später folgten nur noch Stippvisiten der Kurfürsten. Karl I. Ludwig (1649-1680) wohnte zwischen 1660 und 1671 nur einige wenige Tage in Alzey. Als 1683 Pfalzgraf Karl II. (1680-1685) die Schlossgüter zu Geld machte und an mehrere Herren verpachtete , hatte das Schloss als Residenz längst ausgedient. Die Funktion des Schlosses als Verwaltungssitz ging auf das gegen Ende des 17. Jahrhunderts entstandene Burggrafiat über. Die Zerstörung des Schlosses im Oktober 1689 durch die Franzosen besiegelte endgültig das Schicksal der einstigen pfalzgräflichen Residenz.

In ihrer Eigenschaft als Lehnsherren mussten die Pfalzgrafen des öfteren Streitigkeiten in Alzey schlichten. Dieses oberste Lehensgericht tagte, so belegt es das Alzeyer Weistum des 14. Jahrhunderts, beim Pfalzgrafenstein (off dem steyne) auf dem Gelände des heutigen Obermarktes. Als Alzey im Jahr 1324 Oppenheimer Stadtrechte erhielt, gab es ein Ritter-, ein Stadt- und ein Lehensgericht. Diese Instanzen waren für die Burg aber nicht zuständig, denn die Burgmannen bildeten ein eigenes Lehnsgericht, das nur Angelegenheiten der Burg und ihrer Bewohner verhandelte. Den Bestimmungen des Sachsenspiegels zufolge mußte das Burglehensgericht unter freiem Himmel bei geöffnetem Burgtor zusammenkommen, um eine allgemeine Öffentlichkeit innerhalb des burglichen Hausfriedensbereiches herzustellen. Zuweilen tagte das Burglehensgericht auch vor dem Burgtor, also außerhalb des inneren Burgfriedensbereiches. Wo genau das Alzeyer Burglehensgericht stattfand, ist leider nie beschrieben worden. Dass es aber auf der Burg zusammentrat ist 1423 dokumentiert, als Pfalzgraf Ludwig III. (1410-1436) dort einen Gerichtstag unter dem Vorsitz des Obmannes Graf Johann von Wertheim einberief.

Der Kommandant auf der Burg wurde vom Pfalzgrafen eingesetzt und besoldet und konnte in der Regel jederzeit von ihm abgesetzt werden. Bis Mitte des 14. Jahrhunderts konnte der Burgkommandant als "Amtmann", in den 50-er Jahren auch als "Viztum" bezeichnet werden. Auch im späten 14. Jahrhundert kam neben der dann üblichen Amtsbezeichnung "Burggraf" gelegentlich der Begriff "Amtmann" noch vor. Zu den Aufgaben des Alzeyer Burggrafen gehörte es grundsätzlich, die Interessen seines Herrn wahrzunehmen und in seinem Amtsbereich Geltung zu verschaffen. Er hatte die Burg und die Burgmannen sowie die Menschen und Institutionen seines Amtsbezirks zu schützen, zu überwachen und gegebenenfalls Verstöße zu bestrafen. Er führte den Vorsitz beim Gericht über Kriminalsachen und meist auch stellvertretend für den Pfalzgrafen beim Burgmannengericht. In der freiwilligen Gerichtsbarkeit war er als Schiedsmann und Vermittler tätig. Er sorgte u.a. für die Einsetzung des Schultheißen und nahm hoheitliche Aufgaben innerhalb der Gemarkungsgrenzen wahr. Zudem war er für die Erhebung der Abgaben und für die Ordnung der zu seinem Amtsbezirk gehörenden Landwirtschaft verantwortlich. Darüber hinaus übernahm er diplomatische Missionen im Auftrag des Pfalzgrafen und fungierte als Mittler zwischen der "Zentrale" in Heidelberg und den Leuten in seinem Amtsbezirk. Der Landschreiber, diese Amtsbezeichnung taucht bereits zwischen 1373 und 1380 in Alzeyer Urkunden auf , übernahm im Laufe der Zeit - ähnlich wie in anderen Amtsstädten - die Aufgaben des Alzeyer Burggrafen. Seit dem Ende des Dreißigjährigen Krieges war Burggraf lediglich ein Ehrentitel, mit dem sich keine Amtsfunktion mehr verband. Man kann davon ausgehen, dass der Burggraf im Mittelalter auf der Burg gelebt hat. Der erste erwähnte Alzeyer Landschreiber Werner von Albig hingegen wohnte 1395 in einem nicht näher beschriebenen Stadthaus, das vielleicht identisch ist mit dem 1478 genannten Landschreiberhaus in der Burggasse an der Ecke zur Antonitergasse. Im Jahr 1553 wird erstmals von einem Burggrafenamtshaus gesprochen. Ob es dasselbe Gebäude war, das Kurfürst Wilhelm (1685-1690) dem Kapuziner Arnold von Dietigheim als Wohnung anwies, als dieser 1686 den Gottesdienst in der Burgkapelle wieder aufnehmen durfte, muss offenbleiben. Burggraf Hermann Adrian Freiherr von Wachtendonck (1699-1702) soll im so genannten "Burggräflichen Hof" gewohnt haben, der sich neben dem Amtshaus in der Amtsgasse befand. Inwieweit dieses Haus mit dem nach 1689 entstandenen "Burggrafiat" in der heutigen Schlossgasse identisch ist, das als Sitz des Oberamtsgerichts und Wohnung des ihm vorgesetzten Landschreibers diente, muss noch erforscht werden. Die Amtsstube des Landschreibers befand sich auf alle Fälle bis Ende des 18. Jahrhunderts in diesem Burggrafiat.

Die Liste der Alzeyer Burggrafen umfasst bisher folgende Amtsträger. Sie sind zu den angegebenen Zeiten in den Quellen belegt:

Die bruchstückhafte Überlieferung läßt keine detaillierte Beschreibung der Hofämter im Schloß Alzey zu. Die Nennung der verschiedenen Ämter in Alzey zeigt aber, daß sich seit dem 14. Jahrhundert zumindest zeitweise eine differenzierte Hofamtsorganisation herausgebildet hatte. Die Tätigkeit der einzelnen Amtsinhaber läßt sich allerdings nicht nur auf die Burg beschränken, denn teilweise werden sie auch für städtische Aufgaben zuständig gewesen sein. Der Truchseß von Alzey war ursprünglich der Vorsteher der pfalzgräflichen Hofverwaltung und hatte somit ein wichtiges Hofamt inne. Die gegen die Pfalzgrafen gerichtete Haltung der Truchsessen von Alzey und ihre allmähliche Entmachtung ließen dieses Alzeyer Hofamt verkümmern. Nachdem das Alzeyer Truchsessenamt 1360 an die Raugrafen gefallen war, spaltete es sich auf: Während sich der Aufgabenbereich des Truchsessen auf die pfalzgräfliche "Tafel" konzentrierte, übernahm der Hofmeister, der 1379 erstmals urkundlich erwähnt wird, die Hofverwaltung. Nur ein einziges Mal wird im Jahr 1403 ein weiteres traditionelles Hofamt, das des Burgschenken, genannt. Das dritte Traditionsamt des Marschalls hatte in Alzey offenbar keine Bedeutung. Andere Bedienstete, die zur Funktionsfähigkeit einer Residenz notwendig waren, tauchen in Alzeyer Urkunden nur gelegentlich auf. So wird ein pfalzgräflicher Schreiber auf der Burg erstmals 1379 erwähnt. Betrachtet man die wenigen Quellen der Folgezeit, so scheint dieses Amt bis in das 16. Jahrhundert hinein ständig besetzt gewesen zu sein. Ein pfalzgräflicher Kammermeister wird dagegen lediglich 1403 und 1544, ein Kammerknecht sogar nur einmal 1407 genannt. Nicht zuletzt deutet die Anwesenheit von Rechtsgelehrten (1529) sowie von Ärzten (1556) darauf hin, daß bei längeren Aufenthalten der Pfalzgrafen in Alzey nahezu alle wichtigen Bereiche abgedeckt waren, die zum reibungslosen Ablauf in der Alzeyer Residenz beitrugen.

Der Residenzcharakter der Burg und die häufigen Aufenthalte der Pfalzgrafen weisen darauf hin, daß des öfteren Gäste auf der Burg "fürstlich" zu bewirten waren. Leider liegen keine Berichte über festliche Bankette vor. Es läßt sich lediglich belegen, daß die Köche bei den Pfalzgrafen besondere Wertschätzung genossen. So befreite etwa Pfalzgraf Ruprecht II. d.J. (geb. 1325-1398) im Jahr 1375 seinen Koch Stobenhennel für 14 Jahre von der Steuer auf dem Hof Freimersheim. 1391 überschrieb derselbe Pfalzgraf seinem obirsten koche zusätzlich den Korn- und Weinzehnten auf dem haus Alzey. Diese besondere Fürsorge für den Koch Stobenhennel war kein Einzelfall. Unter Pfalzgraf Ruprecht III. (1398-1410) war Heinrich von Hauben (Huben) herrschaftlicher Küchenmeister. Er begleitete seinen Herrn als eine Art "Chefkoch" auf Reisen und Feldzügen. In Alzey war er wahrscheinlich allenfalls für den Speiseplan der herrschaftlichen Tafel zuständig. Als fest angestellter Koch in der Burgküche war zu dieser Zeit ein Mann namens Sünlin tätig. Im Jahr 1403 befreite ihn Pfalzgraf Ruprecht III. als Dank für seine langjährigen Dienste von der Pflicht, in der Stadt Alzey der Zunft beizutreten bzw. dort Wachdienste zu übernehmen.

Burgherr und Familie, Personal und Bedienstete sowie Besucher und Gäste mußten von der Burgküche aus verpflegt werden. Der Bedarf an landwirtschaftlichen Produkten, wie Getreide, Gemüse und Früchte, war schon deshalb besonders hoch, da die Kurfürsten die Dienste ihrer Vasallen, Burgmannen und Beschäftigten häufig in Naturalien beglichen. Die umfangreichen Burggüter wurden nicht alle selbst bewirtschaftet (Eigenwirtschaft), der größere Teil der landwirtschaftlichen Nutzflächen war an Lehnsleute und Pächter vergeben. Letztere erbrachten den fälligen Zins überwiegend in Form von Naturalien. Zur Lagerung der erzeugten und erwirtschafteten Produkte wurden im Burggelände geräumige Speicher und Scheuern errichtet. Die Überschüsse aus der Landwirtschaft ließen der Keller, der Landschreiber oder der Burggraf auf den Märkten der Umgebung verkaufen und zu Geld machen. Auch im Pachtbetrieb gewann das Bargeld als Zinsabgabe zunehmend an Bedeutung. Die wirtschaftliche Grundlage der Pfalzgrafen in Alzey läßt sich aus dem Salbuch des 15. Jahrhunderts (1432/1442) ersehen. Die den Pfalzgrafen in Alzey gehörenden Wiesen und Äcker umfaßten ca. 350 Morgen. Einige Güter wurden von pfalzgräflichen Leuten in Eigenregie bewirtschaftet, andere Äcker, Wiesen oder Gärten waren verlehnt oder verpachtet. Die Zinspflichtigen mußten ihre Abgaben in Form von Geld oder Naturalien jeweils am 11.11. (Martini) auf der Burg abliefern. Die Bäcker zahlten einen Brot-, die Wollhändler einen Wollzins. Die Fleischer mußten Unschlitt abliefern, d.h. aus tierischem Fett gewonnenen Talg, der auf der Burg zur Kerzen- und Seifenherstellung benötigt wurde. Der Pfalzgraf konnte darüber hinaus mit Zehnteinnahmen aus dem Acker- und Weinbau sowie der Viehhaltung aus verschiedenen Ortschaften rechnen. Hinzu kamen noch Einkünfte aus 17 Dörfern, die holczkorn zu entrichten hatten, eine Abgabe für die Waldnutzung. Rechnet man alle Einnahmen zusammen, kommt man auf beachtliche Mengen, die jedes Jahr die Vorratskammern und Ställe der Burg füllten: An Korn wurden 2.060 Malter und ½ Viertel eingenommen, 313 Pfund Unschlitt wurden gesammelt, zudem erhielt der Burgverwalter 90 Kapaune und drei Gänse, an Gewürzen wurden ½ Pfund Pfeffer und ½ Pfund Ingwer vereinnahmt, zwei Malter Erbsen, zwei Malter Mohnsamen und 10 Käse waren ebenfalls abzuliefern, hinzu kamen 14 Viertel Wein und eine unbekannte Menge an Öl. 47 Ortschaften mußten zudem "Zinsen, Gülte, Bede und Steuern "off die burg zu Altzey" entrichten. Erst 250 Jahre später erfährt man wieder etwas über die Schloßgüter. Als sie 1683 von Kurfürst Karl II. (1680-1685) verpachtet wurden, war ihr Umfang beträchtlich geschrumpft und betrug nur noch 148 Morgen Ackerland. Bis zum Tag der Verpachtung hatten noch Einwohner von 12 Dörfern Frondienste auf den Schloßgütern geleistet. Diese Verpflichtung zum Frondienst wurde aufgehoben, die ehemaligen Fröner mußten aber fortan den Pächtern zum Ausgleich einen Geldbetrag zahlen. Die Einnahmen aus den Schloßgütern waren mit denen des 15. Jahrhunderts nicht mehr zu vergleichen. So wie die Güter waren auch die landwirtschaftlichen Erträge auf ein nahezu unbedeutendes Maß zusammengeschmolzen. Der Pfalzgraf verlangte 1683 als Pacht nur noch 27 Malter Korn, Gerste, Speltz und Hafer, die am 11.11. eines jeden Jahres in einwandfreier, speichergerechter und handelsüblicher Qualität in der Kellerei abzuliefern waren. Zudem wurden als Pachtgeld (Erbkaufschilling) 215 Gulden vereinbart, die in drei Raten bis 1684 an die pfalzgräfliche Kammermeisterei entrichtet werden mussten

Zur Entfaltung höfischen Lebens gehörte die herrschaftliche Jagd. Dies war auch in Alzey so, denn die Gemarkung war für ihren Hasenreichtum berühmt. Im Jahr 1495 lud Pfalzgraf Philipp (1476-1508) auf dem Reichstag in Worms Kaiser Maximilian I. (1486-1519) zu einer Treibjagd nach Alzey ein. Die Wormser Chronik berichtet dazu: "König Maximilian ritt mit pfalzgraf Philippen kurfürsten gen Alzei auf das weidwerk, fieng eines tags über 120 hasen, aber Pfalz hat es nit fast gern." Auch Pfalzgraf Ottheinrich nutzte in jungen Jahren die Gelegenheit, um vom Neuwenschloß aus auf die Jagd zu gehen. Der 1545 genannte Bezirk hasenhage in Alzey läßt vermuten, daß es auch zu dieser Zeit noch viele Hasen in der Alzeyer Gemarkung gegeben hat , und noch 1671 schrieb Pfalzgraf Karl I. Ludwig (1649-1680) in einem Brief, daß er zwar "keine atzeln noch krähen aber hasen gnug bei Altzey ahngetroffen" habe .

Die strategisch günstige Lage Alzeys und die stets gut gefüllten Vorratsspeicher, die eine Versorgung der pfalzgräflichen Truppen garantierten, machten Alzey zu einem bevorzugten Zentrum der Militärverwaltung. Von hier aus organisierte Pfalzgraf Ruprecht III. (1398-1410) beispielsweise Ende August 1400 die Belagerung der Burg Alt-Wolfstein . Auch in den Armagnakenkriegen war Alzey im Jahr 1444 Sammelplatz für Truppen und Kriegsgerät, die der Alzeyer Burggraf in Absprache mit dem Kurfürsten einsetzen sollte . Kurfürst Friedrich I. (1449-1476) lagerte 1460 mit Landgraf Ludwig von Hessen bei Alzey und Freimersheim (Framersheim?), um gegen Ludwig von Veldenz und die Grafen von Leiningen ins Feld zu ziehen. Welches militärische Potential in Burg und Stadt Alzey vorhanden war, zeigt das Reißbuch, das Kurfürst Philipp (1476-1508) im Jahr 1504 anfertigen ließ, um die Schlagkraft seiner Truppen aufgrund des drohenden Bayrischen Erbfolgekrieges festzustellen. Zahlreiche Kanonen, Hakenbüchsen und Armbrüste wurden an mehreren Stellen der Burg und der Stadt gelagert. Der Alzeyer Burggraf Hans III. Landschad war als Kommandant fest in die Befehlsstruktur des Amtsaufgebotes eingegliedert und die Leistungen, welche die Stadt und das Amt zu erbringen hatten (Waffen, Transportwagen, Pferde, Schanzarbeiter und Handwerker) waren genau festgelegt. Auch die Einsatzbereitschaft der Burgmannen wurde begutachtet . Es ist nicht sicher, ob Alzey 1504 vom Kriegsgeschehen selbst betroffen war. Mehr als 100 Jahre später war Alzey im Krieg gegen die Spanier erneut Truppensammelplatz, als Herzog Christian von Pfalz-Birkenfeld am 23.5.1632 mit etlichen Regimentern und Geschützen von Mainz aus aufbrach, um die an die Mosel vordringenden Spanier zu verfolgen.

Seit dem Mittelalter wurde Alzey als geeigneter Ort angesehen, Geiseln und Friedensbrecher sicher zu verwahren. Bereits 1235 soll Pfalzgraf Otto II. (1228-1253) im Auftrag Kaiser Friedrichs II. (1212-1250) dessen Sohn König Heinrich II. (1222-1235) einige Zeit in Alzey inhaftiert haben. Zwei Jahrzehnte später wurde ein Ritter Jakob nach einem dreisten Überfall auf einige Kaufleute ebenfalls gen Alzei geschleift und dort arretiert. 1388 ließ der Alzeyer Burggraf Ulrich Saltzkerne zahlreiche Gefangene auf grausame Weise in einem Ziegelofen verbrennen. Wo genau alle diese angeführten Häftlinge eingesperrt wurden, bleibt unerwähnt. Das Gefängnis in der Burg wird erst 1411 ausdrücklich genannt, als Burggraf Hermann II. von Rodenstein dort einen Friedensbrecher einkerkern ließ. In den Kämpfen Friedrichs des Siegreichen (vor allem bei der Eroberung von Pfeddersheim 1460 und Armsheim 1470) wurden zahlreiche Gefangene "inn den thorn zu Altze" geführt und kurz darauf auch hingerichtet. Ob mit dem thorn der Bergfried der Burg Alzey oder ein Stadtmauerturm gemeint ist, bleibt unsicher. Als Burggraf Erkinger II. von Rodenstein Ende Dezember 1491 einige Kirchheimer Bürger in Haft nahm, ist der genaue Unterbringungsort der Inhaftierten ebenfalls nicht näher beschrieben. Die Gefangenen, die 1525 während des Bauernkrieges gemacht wurden, kamen allerdings ins Alzeyer Schloss, wo ihre Anführer hingerichtet wurden. Dann hört man erst 1668 wieder etwas vom Alzeyer Gefängnis in einem Brief des Pfalzgrafen Karl I. Ludwig (1649-1680) an seine Ehefrau Luise, jedoch ohne nähere Angaben zum Ort oder zu den Hintergründen.

Nach dem Tod des Kurfürsten Karl II. von Pfalz-Simmern am 26.5.1685 erhob der französische König Ludwig XIV. (1643-1715) bekanntlich gegenüber der nachfolgenden Linie Pfalz-Neuburg Ansprüche auf den größten Teil der Pfalz. Sein Bruder Herzog Philipp von Orleans war nämlich mit Elisabeth Charlotte (Liselotte) von der Pfalz, einer Schwester des verstorbenen Kurfürsten, vermählt. Während deutsche Truppen in Ungarn gegen die Türken kämpften, überschritten am 24.9.1688 französische Truppen den Rhein.
Von Anfang an wußten die Franzosen, daß eine Besetzung der okkupierten Länder auf Dauer nicht durchzuführen war. So ging man daran, die rheinischen Städte systematisch zu vernichten, um Herr am Rhein zu bleiben. Am 1.6.1689 kam der französische General Duras nach Alzey, fand alles unversehrt vor und gab einen Tag später den Befehl, die Befestigungswerke zu zerstören, der jedoch zu diesem Zeitpunkt noch nicht ausgeführt wurde . Die Franzosen müssen die Stadt wieder verlassen haben, denn im Oktober waren pfalzgräfliche Truppen in Alzey. Nachdem diese am 13.10.1689 das Feld geräumt hatten, rückte am folgenden Tag der französische Oberst Vivar mit 300 Reitern in Alzey ein. Es wurde Befehl gegeben, die Stadt am 14. und 15. Oktober anzuzünden, was diesmal auch in die Tat umgesetzt wurde. Da es den in Alzey gebliebenen Bürgern gelang, die gelegten Brände zu löschen, hielten sich die Zerstörungen der Stadt in Grenzen. Nur wenige Häuser gingen in Flammen auf, die Stadtmauer blieb weitgehend erhalten. Das Schloß hingegen wurde durch Sprengungen und Abbrucharbeiten in Mitleidenschaft gezogen, besonders der Bollwerksturm. In einem am 7.9.1697 angefertigten Verzeichnis der von den Franzosen okkupierten Städte, Schlösser, Dörfer und Höfe im Oberamt Alzey wurden sowohl die Stadt als auch das Schloß (statt und schloss Alzey) als verbrannt und ruiniert bezeichnet. Nach der Verwüstung von 1689 änderte sich am ruinösen Zustand des Schlosses lange Zeit wenig. Kein pfälzischer Landesfürst kümmerte sich mehr um die zerstörte Residenz. Die Bewohner Alzeys benutzten die Ruine als Steinbruch, um ihre Häuser wieder aufzubauen.
Im Frieden von Lunéville fiel die Burg an Frankreich, nach dem Wiener Kongreß an das Großherzogtum Hessen. Am schlechten Zustand des Schlosses änderten die wechselnden Besitzverhältnisse des 19. Jahrhunderts nichts. Erst zwischen 1901 und 1903 wurde zunächst eine Aufnahme des vorhandenen Baubestandes vorgenommen und sofort mit dem Abbruch verwitterter Bauteile begonnen. Bei diesen Arbeiten gingen einige Mauerinschriften und andere Datierungsmerkmale unwiederbringlich verloren. Die Instandsetzung des Schlosses war Ende 1903 vorerst abgeschlossen. Im 20. Jahrhundert wurde das Schloß in verschiedenen Bauabschnitten zum Verwaltungsgebäude ausgebaut.

In Alzey haben sich offenbar mehr Burgmannen befunden als auf anderen pfalzgräflichen Burgen. Weder die Burgen in (Kaisers)Lautern, Oppenheim oder Germersheim noch das Schloss in Heidelberg können ähnlich umfangreiche Vasallenlisten aufweisen wie die Alzeyer Residenz. Die in der folgenden Aufstellung verzeichneten Alzeyer Burgmannen haben aber nicht alle zur gleichen Zeit gedient, vielmehr handelt es sich teilweise um eine Zusammenfassung von Burgmannenverträgen aus verschiedenen Zeiten. Üblicherweise residierten auf landesherrlichen Burgen nicht mehr als 20 Burgmannen gleichzeitig. Gleichwohl muss man bedenken, dass die Alzeyer Burgmannschaft für die Pfalzgrafen einen besonderen Stellenwert hatte, da der pfalzgräfliche Besitz um Alzey von Besitzungen anderer Herrschaften praktisch umschlossen war und eine ständige Verteidigungsbereitschaft erforderlich machte. Zudem war es stets Ziel der Pfalzgrafen, möglichst viele Herren der Umgebung über Lehnsverträge an sich zu binden. Die Alzeyer Burgmannen wurden vom Pfalzgrafen persönlich oder stellvertretend von seinem Burggrafen zum Dienst verpflichtet. Die Aufgabe der Burgmannen bestand vor allem darin, ihren Dienstsitz militärisch zu verteidigen. Deshalb mußten sie sich auf der Burg bzw. in deren Nähe aufhalten (Residenzpflicht). Nur so konnte die Burg auch bei einem Überraschungsangriff wirkungsvoll verteidigt werden. Vor allem von hochgestellten Herren, die aus politischen Gründen als Gefolgsleute in die Burgmannschaft aufgenommen wurden, konnte man aber nicht verlangen, ständig in Alzey anwesend zu sein. Ihnen wurde deshalb meistens das Recht zugestanden, einen würdigen und kampferprobten Stellvertreter zu entsenden. Burgmannen erhielten ein Burglehen als Vergütung. Dieses bestand im allgemeinen aus einem Stück Land, das ihren Lebensunterhalt sicherte. Im Laufe der Zeit wurden aber immer häufiger Burgmannen mit Geld entlohnt, das jährlich, meistens im November (11.11) ausgezahlt wurde. Ob die Alzeyer Burgmannen mit der Residenzpflicht auch das städtische Bürgerrecht erlangten, wie dies in Oppenheim bezeugt ist, lässt sich nicht belegen. Auf alle Fälle galten die Burgmannpflichten im 13. Jahrhundert nicht nur für die Burg, sondern auch für die Stadt.

Es gibt in der Überlieferung insgesamt sechs Burgmannenlisten zur Burg Alzey:
1. Eine zwischen 1400-1410 datierte Liste nennt 45 Burgmannen [zitiert 1400-1410]
2. Das erste Lehnbuchs der Pfalzgrafschaft aus dem Jahr 1401, das den Ist-Bestand der Jahre 1398-1400 unter Pfalzgraf Ruprecht III. wiedergibt, führt 59 Burgmannen auf . [zitiert 1401]
3. Im Alzeyer Zinsbuch (Salbuch) von 1432/1442 sind 85 Burgmannen verzeichnet , deren Amtszeit teilweise in die Mitte des 14. Jahrhunderts fällt. So gesehen ist diese Liste die früheste Burgmannenaufstellung der Pfalzgrafschaft überhaupt. [zitiert 1432/1442]
4. Das um 1471 angelegte zweite Lehnsbuch unter Kurfürst Friedrich I. (1449-1476) führt 44 Burgmannen auf [zitiert 1471]
5. Im sog. "Reißbuch" Pfalzgraf Philipps (1476-1508) von 1504 werden 32 Burgmannen erfaßt. [zitiert 1504]
6. Im Lehensbuch des Pfalzgrafen Ludwig V. (1508-1544), das um 1540/1542 geschrieben wurde, werden nochmals 28 Burgmannen namentlich genannt. Ihre Bestallung erfolgte teilweise allerdings erheblich früher. [zitiert 1540/1542]. In der Liste können Personen mit gleichen Namen als eine Person erscheinen, da wegen fehlender Lebensdaten eine Identifizierung der Einzelpersonen nicht möglich ist .