Als Worms im Jahr 1689 von französischen Truppen verwüstet wurde, nahm auch die Magnuskirche Schaden. Turm, Dach und ein großer Teil der Innenausstattung brannten aus. Erst in der Mitte des 18. Jahrhunderts konnte der Innenraum in barocken Formen, unter anderem mit Deckengemälden des Darmstädter Malers Johann Conrad Seekatz (1719-61), neu ausgestattet werden. Da der Stadt seit der Fertigstellung der Dreifaltigkeitskirche im Jahr 1725 und der Vereinigung von lutherischer und reformierter Kirche im Jahr 1820 erheblich mehr Kirchenraum zur Verfügung stand als in früheren Zeiten, gab es Überlegungen, die kleine Magnuskirche aufzugeben. Dagegen wehrte sich die Gemeinde aber so vehement, dass der Plan fallen gelassen werden musste. Im Jahr 1845 wurde schließlich der seit 1689 abgebrochene Stumpf des Glockenturms wiederhergestellt.

Bei einem Luftangriff im Februar 1945 wurde die Magnuskirche schwer von Sprengbomben getroffen und fast bis auf die Grundmauern zerstört. Beim Wiederaufbau achtete man darauf, die in den 30er-Jahren entdeckten romanischen Fensteröffnungen des Westportals sichtbar zu machen. Der Glockenturm wurde nicht wieder in den alten Formen hergestellt, sondern erhielt den charakteristischen, schlanken Aufsatz aus rotem Sandstein, der vielen Wormsern heute als eines der Wahrzeichen ihrer Stadt gilt.