Das Franziskanerkloster mit seiner Kirche stand ursprünglich am Ende der Schöffergasse. Schon 1221 wurde ein kleines Kloster errichtet und im Jahr 1224 Jordanus von Vave als erster Guardian ernannt. Im Jahr 1253 legte Erzbischof Gerhard I. den Grundstein zum neuen Kloster, das er auf seine Kosten erbaute. 1330 wurde dieses Kloster durch Brand zerstört, aber mit finanzieller Unterstützung der Mainzer Bürger wieder aufgebaut.
Die Franziskaner behielten das Kloster bis zum Jahr 1577. Auf Befehl des Kurfürsten Daniel wurde es in diesem Jahr den Jesuiten überlassen. Die Franziskaner verließen die Stadt, kehrten aber 1612 zurück, nachdem ihnen Kurfürst Johann Schweikard den Lorscher Hof mit der Lampertuskirche in der Franziskanerstraße überlassen hatte. Auf diesem Grundstück bauten sie sich ihr neues Kloster. Am 28.4. 1622 wurde der Grundstein gelegt, am 29.11. 1628 wurde es geweiht.
Bei der Beschießung der Stadt 1793 brannten in der Nacht vom 30.6. auf den 1.7. Kirche und Kloster ab. Die Franziskaner stellten von 1794-97 ihre Kirche wieder her und ließen sie mit einem neuen prachtvollen Portal verzieren (siehe Abb. links). Bei der Rückkehr der Franzosen Ende 1797 wurde die noch nicht ganz vollendete Kirche als Militärmagazin benutzt. Die Klostergebäude wurden versteigert. 1832 wurde auch die Kirche versteigert und in den Monaten Mai bis Juli 1832 vollständig abgerissen.