Das Armenklarissenkloster lag gegenüber dem Wachhaus an der Judengasse. Es wurde als Antoniterkloster gegründet. Im Jahr 1332 hatte eine Mechtildis eine dem hl. Antonius geweihte, um 1134 erbaute Kapelle dem Frater Nikolaus von Andernach geschenkt, der damit zum Stifter des Klosters wurde. Meister Nikolaus starb schon im folgenden Jahr und wurde in der Kirche begraben. 1528 verließen die Antoniter das Kloster. Denn der Präzeptor des Antoniterhaus zu Höchst trat das Kloster an Kurfürst Albrecht ab. Dieser verpachtete es dem Abt Ditmar und seinen sechs übrig gebliebenen Ordensbrüdern, die vom Landgrafen von Hessen aus dem Zisterzienserkloster Haina vertrieben worden waren. Abt Ditmar starb bereits im folgenden Jahr und die übrigen Mönche wurden anderweitig untergebracht. Kurfürst Daniel überließ 1574 die Klostergebäude mit der Kirche dem damaligen Gewaltboten, der die Kirche in einen Stall verwandelte. Im Jahr 1619 schickte der Franziskanergeneral Nikolaus Vigerius zu Köln vier Franziskanerinnen aus dem Kloster Marientempel in der Klockergasse zu Köln nach Mainz. Diesen räumte Kurfürst Johann Schweikard das Antoniterkloster unter der Bedingung ein, dass die dem Gewaltboten eine andere Wohnung verschafften. Von 1620 bis zur Säkularisation 1802 wurde das Kloster den Armen Klarissen überlassen. Diese erbauten 1700 die Vierflügelanlage im südwestlichen Anschluss an die Kirche und 1726 das dreigeteilte Klostergebäude an der Klarastraße. Das Kloster bekam damals die Erlaubnis, den vor dem Kloster gelegenen Töngesplatz zum Teil in den Neubau einzubeziehen.
1802 wurde auch das Arm-Klarenkloster aufgehoben. Von 1806-1903 befand sich die Hebammenlehranstalt in den ehemaligen Klostergebäuden. Die Kirche diente eine Zeitlang dem anglikanischen und seit 1876 dem altkatholischen Gottesdienst. Nach Zerstörungen 1942 im 2. Weltkrieg wurde die ausgebrannte Kirche 1948 erneuert. Sie wurde zur neuen Kapelle des Kolpinghauses. Bei der Wiederherstellung wurden am Gewölbe eine Reihe von Figuren aus der Erbauungszeit freigelegt und wiederhergestellt. Die ruinierten Klostergebäude wurden abgebrochen. In der Klarastraße steht noch ein Portal von 1726, das mit einer Plastik der hl. Klara von Burkhard Zamel (1725) geziert ist.