Das ehemalige Benediktinerinnenkloster lag am südlichen Abhang des Jakobsberges, nur ca. 100 bis 150 Meter unterhalb des Drususdenkmals (Eichelstein).
Die Kirche oder Kapelle St. Nikomedis, die schon 765 genannt wird, war durch eine Schenkung des Erzbischofs Luitpold im Jahr 1055 an das Kloster St. Jakob zu Mainz gekommen. In der 1. Hälfte des 15. Jahrhunderts war bei dieser Kapelle ein Benediktinerinnenkloster gegründet worden. Urkundlich wird es erstmals 1442 genannt: Den Schwestern wurde damals gestattet, einen eigenen Priester für den Bartholomäusaltar in der Kapelle anzustellen.
Im Jahr 1458 einverleibte Erzbischof Dietrich von Mainz dem Kloster die Pfründen des Allerheiligenaltars in der Kapelle. Der Generalvikar Reinhard Schütz von Holzhausen berichtete am 20.12. 1597, dass die Meisterin des Klosters, Sophie, am 14.12. gestorben war. Kurfürst Wolfgang beauftragte daraufhin den Generalvikar mit der Verwaltung des Klosters. Dieser schloss den Betrieb und schickte von den drei übrig gebliebenen Frauen zwei in das Kloster Rupertsberg und eine in das Kloster Schönau.
Im Jahr 1604 wurde das Kloster St. Nikomedis dem Kloster St. Jakob inkorporiert. 1622 wurde den Kapuzinern erlaubt, das Kirchlein St. Nikomedis auf ihre Kosten abzubrechen und für sich zu verwenden. So verschwand das Kloster nach gerade einmal 160 Jahren wieder aus der Geschichte. Der Grundbesitz blieb beim Kloster St. Jakob, ein Teil der um den Eichelstein gelegenen Weinberge wurde für die neuen Befestigungsanlagen abgeteilt, der Rest verblieb St. Jakob bis zu dessen Aufhebung im Jahr 1802.