Das Kapuzinerkloster mit seiner Kirche stand in der Kapuzinerstraße, ungefähr gegenüber der St. Ignatiuspfarrkirche. Im Jahr 1608 bat Erzbischof Johann Schweikard den General der Kapuziner, ihm sechs deutsche Kapuziner nach Mainz zu senden. Doch diese trafen erst 1618 ein. Der Kurfürst überließ ihnen seine Hofstätte Westerburg, auf der alsbald mit dem Bau der Klostergebäude begonnen wurde. Der Grundstein zur Kirche wurde am 16.9. 1621 gelegt, die Kirche am 11.5. 1625 zu Ehren des Erzengels Michael geweiht. Sie war die kleinste Klosterkirche in Mainz. Die Kapuziner wohnten im einstöckigen Gebäude des um die Kirche erbauten Kreuzgangs. In den Jahren 1635, 1639 und 1641 kauften sie noch einige neben ihrem Kloster und Klostergarten gelegene Häuser. 1642 erhielten sie vom Wormser Bischof und Propst zu Mainz, Georg Anton von Rodenstein, einige Grundstücke neben dem Kloster geschenkt und 1665 ließ ihnen der Mainzer Domherr neben ihrer Kirche die Laurentiuskapelle erbauen.
Bei der Verstärkung der Festungsanlagen auf der östlichen Seite der Stadt durch die Franzosen im Jahr 1688 verloren die Kapuziner einen Großteils ihres Gartens, wofür sie Kurfürst Lothar Franz 1702 entsprechend entschädigte.
Die Kirche wurde bei der Belagerung von Mainz 1793 zerstört. Das Kloster, 1802 aufgegeben, kam 1804 durch Tausch gegen das Zuchthaus an die Hospitien zu Mainz. Am 24.3. 1806 wurde mit dem Abbruch eines Teils des Klosters begonnen, da die Zivilhospitien planten, ein Hospitalgebäude zu bauen. Der Rest des Besitzes wurde 1857 verkauft.
Das Kapuzinerkloster in der Himmelgasse wurde 1853 errichtet, im Jahr 1901 niedergerissen und an der Stelle ein größerer Neubau mit einer Kirche begonnen.