Das Patrozinium dieser Kirche ist schon deshalb merkwürdig, weil nicht der Gründer des Jesuitenordens, sondern der Apostelschüler Ignatius, Bischof von Antiochien, der 107 in Rom den Märtyrertod fand, gewürdigt wird.
Vorläuferin der heutigen Kirche war eine wahrscheinlich schon im 7. Jahrhundert errichtete Kirche, die zu dem damals dort stehenden königlichen Hof (Salhof) gehörte. Später wurde sie das seelsorgerische Zentrum des Vorortes "Selenhofen" (Der Name geht auf den ehemaligen Salhof zurück). Die älteste Nachricht über St. Ignaz datiert aus der Mitte des 13. Jahrhunderts: 1259 wird dort ein Pfarrer erwähnt. Die alte Kirche soll früher einmal den Templern gehört haben. Gesicherte Daten sind danach erst wieder im 16. Jahrhundert greifbar.
Zu Beginn des 18. Jahrhunderts war die damalige Kirche so baufällig, dass ein Neubau unumgänglich schien. Der Entwurf von Johann Peter Jäger wurde jedoch wegen der Größe des vorgesehenen Kirchenbaus und den dadurch zu erwartenden Kosten heftig kritisiert. Doch Kurfürst Johann Friedrich Karl von Ostein beschloss, beim Jägerschen Entwurf zu bleiben, denn er wolle - so wird er zitiert - "keine Bauernkirche in seiner Residenz haben". Die mittelalterliche Kirche wurde 1760 abgebrochen, 1763 erfolgte die Grundsteinlegung der neuen Pfarrkirche. Zehn Jahre später, am 12. Dezember 1773, konnte der erste Gottesdienst im neuen Gotteshaus gefeiert werden.

Die weitere Ausgestaltung des Kircheninneren wurde 1779 bis 1781 mit der Errichtung der Orgel und 1784 mit dem Aufstellen des Hochaltars vorgenommen. Turmbauprojekte der Jahre 1786-1789 wurden nicht verwirklicht. Die Krypta wurde jüngst in Privatinitiative wieder hergestellt und ist allgemein zugänglich. Durch die Belagerung der Stadt Mainz im Jahr 1793 entstanden Beschädigungen an Portal, Dachbalken und Fenstern.
Am Ende des 2. Weltkrieges wurde St. Ignaz durch amerikanische Fliegerangriffe am 21. September und im März 1945 schwer beschädigt. Dennoch begannen bereits im Mai des gleichen Jahres die Wiederherstellungsarbeiten. An Ostern 1946 konnte in der noch immer beschädigten Kirche aber wieder der Gottesdienstbetrieb aufgenommen werden. 1953 bis 1955 wurden der Wandanstrich erneuert und die Deckengemälde ausgebessert, 1957 bis 1959 nach Wiederherstellung der beschädigten Figuren die Kreuzigungsgruppe wieder aufgestellt und schließlich 1959 der Außenbau verputzt.